Dans cette partie de la série d’articles sur le test PCR, j’explique la logique derrière le test PCR, et les différentes étapes pour préparer un échantillon prêt à l’analyse PCR. Cette étape est importante pour comprendre ce qu’on cherche à détecter. L’objectif est toujours, si ce n’est de pouvoir construire un test, de comprendre la technique et d’inspirer mes lecteurs qui souhaiteraient se lancer dans cette aventure de confection d’un test DIY.
1. A propos du Corona Virus
Le nom “coronavirus“, du latin signifiant « virus à couronne », est dû à l’apparence des virions sous un microscope électronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui ressemblent à la couronne solaire2.
Plus récemment ont été identifiés trois types de coronavirus responsables de graves pneumopathies :
- Le SARS-CoV, agent pathogène du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) en 2002-2004
- Le MERS-CoV, celui du syndrome respiratoire du Moyen-Orient à partir de 2012
- Le SARS-CoV-2, celui de la maladie à coronavirus 2019 (Covid-19) apparue en Chine en 2019 et responsable d’une sévère pandémie en 2020
2. Composition du Virus
Les coronavirus sont munis d’une enveloppe virale ayant un génome à ARN de sens positif et une capside (coque) kilobases, particulièrement grosse pour un virus à ARN. Ils se classent parmi les Nidovirales, puisque tous les virus de cet ordre produisent un jeu imbriqué d’ARNm sous-génomique lors de l’infection. Des protéines en forme de pic, enveloppe, membrane et capside contribuent à la structure d’ensemble de tous les coronavirus. Ces virus à ARN sont monocaténaires et de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore). Ils peuvent muter et se recombiner.
3. ARN et ADN ?
L’acide ribonucléique (ARN) est un acide nucléique présent chez pratiquement tous les êtres vivants, et aussi chez certains virus. L’ARN est très proche chimiquement de l’ADN et il est d’ailleurs en général synthétisé dans les cellules à partir d’une matrice d’ADN dont il est une copie. Les cellules utilisent en particulier l’ARN comme un support intermédiaire des gènes pour synthétiser les protéines dont elles ont besoin. L’ARN peut remplir de nombreuses autres fonctions et en particulier intervenir dans des réactions chimiques du métabolisme cellulaire.
Chimiquement, l’ARN est un polymère linéaire constitué d’un enchaînement de nucléotides. Chaque nucléotide contient un groupe phosphate, un sucre (le ribose) et une base nucléique, ou base azotée. Les nucléotides sont liés les uns aux autres par des liaisons phosphodiester. On trouve quatre bases nucléiques dans l’ARN : l’adénine, la guanine, la cytosine et l’uracile.
La figure suivante montre la structure moléculaire d’un ARN :
Pour le cas qui nous interesse, voici le génome du SARS-COV :
4. Prélèvements
Les techniques de test du virus COVID-19 évoluent constamment en tant que moteur de tests plus rapides, utilisant des constructions technologiques moins complexes. Les directives actuelles pour les tests de dépistage du virus COVID-19 indiquent que la technique de dépistage / test préférée est le diagnostic moléculaire en utilisant la RT-PCR en temps réel.
La collecte de l’échantillon est importante. Les directives actuelles de Santé publique recommandent de rechercher des échantillons des voies respiratoires supérieures, SOIT:
- Tampons individuels pour le nez et la gorge dans des tubes de collecte séparés.
- Ecouvillon combiné pour le nez et la gorge dans un tube de collecte contenant un milieu de transport universel.
- Ecouvillon unique utilisé pour la gorge puis le nez.
- Aspiration nasopharyngée
Ils recommandent également de prélever un échantillon des voies respiratoires inférieures sous forme d’expectorations, si possible.
Pour la simplicité de l’article, nous allons nous concentrer sur un prélèvement du “Nasopharyngeal Swab” et un transport en “milieu de transport” universel, préservant l’échantillon jusqu’au laboratoire.
5. Conclusion partie 2 :
Dans cette partie nous avons appris à connaitre le virus, sa composition, une idée sur le génome de son ARN. nous avons aussi exploré les techniques de prélèvements. Ces éléments seront importants pour la suite de notre série d’articles pour comprendre les étapes suivies pour la préparation d’un échantillon brut pret à subir le test PCR et comprendre la logique derrière le test.
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