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<\/p>\nDans cette partie de la s\u00e9rie d’articles sur le test PCR, j’explique la logique derri\u00e8re le test PCR, et les diff\u00e9rentes \u00e9tapes pour pr\u00e9parer un \u00e9chantillon pr\u00eat \u00e0 l’analyse PCR. Cette \u00e9tape est importante pour comprendre ce qu’on cherche \u00e0 d\u00e9tecter. L’objectif est toujours, si ce n’est de pouvoir construire un test, de comprendre la technique et d’inspirer mes lecteurs qui souhaiteraient se lancer dans cette aventure de confection d’un test DIY.<\/p>\n
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Le nom “coronavirus<\/em>“, du latin signifiant \u00ab virus \u00e0 couronne \u00bb, est d\u00fb \u00e0 l’apparence des virions sous un microscope \u00e9lectronique, avec une frange de grandes projections bulbeuses qui ressemblent \u00e0 la couronne solaire2.<\/p>\n Plus r\u00e9cemment ont \u00e9t\u00e9 identifi\u00e9s trois types de coronavirus responsables de graves pneumopathies :<\/p>\n Les coronavirus sont munis d’une enveloppe virale ayant un g\u00e9nome \u00e0 ARN de sens positif et une capside (coque) kilobases, particuli\u00e8rement grosse pour un virus \u00e0 ARN. Ils se classent parmi les Nidovirales, puisque tous les virus de cet ordre produisent un jeu imbriqu\u00e9 d’ARNm sous-g\u00e9nomique lors de l’infection. Des prot\u00e9ines en forme de pic, enveloppe, membrane et capside contribuent \u00e0 la structure d’ensemble de tous les coronavirus. Ces virus \u00e0 ARN sont monocat\u00e9naires et de sens positif (groupe IV de la classification Baltimore). Ils peuvent muter et se recombiner.<\/p>\n L’acide ribonucl\u00e9ique (ARN) est un acide nucl\u00e9ique pr\u00e9sent chez pratiquement tous les \u00eatres vivants, et aussi chez certains virus. L’ARN est tr\u00e8s proche chimiquement de l’ADN et il est d’ailleurs en g\u00e9n\u00e9ral synth\u00e9tis\u00e9 dans les cellules \u00e0 partir d’une matrice d’ADN dont il est une copie. Les cellules utilisent en particulier l’ARN comme un support interm\u00e9diaire des g\u00e8nes pour synth\u00e9tiser les prot\u00e9ines dont elles ont besoin. L’ARN peut remplir de nombreuses autres fonctions et en particulier intervenir dans des r\u00e9actions chimiques du m\u00e9tabolisme cellulaire.<\/p>\n Chimiquement, l’ARN est un polym\u00e8re lin\u00e9aire constitu\u00e9 d’un encha\u00eenement de nucl\u00e9otides. Chaque nucl\u00e9otide contient un groupe phosphate, un sucre (le ribose) et une base nucl\u00e9ique, ou base azot\u00e9e. Les nucl\u00e9otides sont li\u00e9s les uns aux autres par des liaisons phosphodiester. On trouve quatre bases nucl\u00e9iques dans l’ARN : l’ad\u00e9nine, la guanine, la cytosine et l’uracile.<\/p>\n La figure suivante montre la structure mol\u00e9culaire d’un ARN :<\/p>\n Pour le cas qui nous interesse, voici le g\u00e9nome du SARS-COV :<\/p>\n Les techniques de test du virus COVID-19 \u00e9voluent constamment en tant que moteur de tests plus rapides, utilisant des constructions technologiques moins complexes. Les directives actuelles pour les tests de d\u00e9pistage du virus COVID-19 indiquent que la technique de d\u00e9pistage \/ test pr\u00e9f\u00e9r\u00e9e est le diagnostic mol\u00e9culaire en utilisant la RT-PCR en temps r\u00e9el.<\/p>\n <\/p>\n La collecte de l’\u00e9chantillon est importante. Les directives actuelles de Sant\u00e9 publique recommandent de rechercher des \u00e9chantillons des voies respiratoires sup\u00e9rieures, SOIT:<\/p>\n Pour la simplicit\u00e9 de l’article, nous allons nous concentrer sur un pr\u00e9l\u00e8vement du “Nasopharyngeal Swab” et un transport en “milieu de transport” universel, pr\u00e9servant l’\u00e9chantillon jusqu’au laboratoire.<\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n <\/p>\n Dans cette partie nous avons appris \u00e0 connaitre le virus, sa composition, une id\u00e9e sur le g\u00e9nome de son ARN. nous avons aussi explor\u00e9 les techniques de pr\u00e9l\u00e8vements. Ces \u00e9l\u00e9ments seront importants pour la suite de notre s\u00e9rie d’articles pour comprendre les \u00e9tapes suivies pour la pr\u00e9paration d’un \u00e9chantillon brut pret \u00e0 subir le test PCR et comprendre la logique derri\u00e8re le test.<\/p>\n Dans cette partie de la s\u00e9rie d’articles sur le test PCR, j’explique la logique derri\u00e8re le test PCR, et les diff\u00e9rentes \u00e9tapes pour pr\u00e9parer un \u00e9chantillon pr\u00eat \u00e0 l’analyse PCR. Cette \u00e9tape est importante pour comprendre ce qu’on cherche \u00e0 d\u00e9tecter. L’objectif est toujours, si ce n’est de pouvoir construire un test, de comprendre la […]<\/p>\n","protected":false},"author":1,"featured_media":6840,"comment_status":"open","ping_status":"open","sticky":false,"template":"","format":"standard","meta":{"_jetpack_memberships_contains_paid_content":false,"footnotes":"","jetpack_publicize_message":"","jetpack_publicize_feature_enabled":true,"jetpack_social_post_already_shared":true,"jetpack_social_options":{"image_generator_settings":{"template":"highway","enabled":false},"version":2}},"categories":[93],"tags":[],"class_list":["post-6798","post","type-post","status-publish","format-standard","has-post-thumbnail","hentry","category-covid"],"jetpack_publicize_connections":[],"jetpack_featured_media_url":"https:\/\/www.erroussafi.com\/wp-content\/uploads\/2020\/05\/CDC_2019-nCoV_Laboratory_Test_Kit1.jpg","jetpack_sharing_enabled":true,"_links":{"self":[{"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6798","targetHints":{"allow":["GET"]}}],"collection":[{"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts"}],"about":[{"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/types\/post"}],"author":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/users\/1"}],"replies":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/comments?post=6798"}],"version-history":[{"count":0,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/posts\/6798\/revisions"}],"wp:featuredmedia":[{"embeddable":true,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media\/6840"}],"wp:attachment":[{"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/media?parent=6798"}],"wp:term":[{"taxonomy":"category","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/categories?post=6798"},{"taxonomy":"post_tag","embeddable":true,"href":"https:\/\/www.erroussafi.com\/index.php\/wp-json\/wp\/v2\/tags?post=6798"}],"curies":[{"name":"wp","href":"https:\/\/api.w.org\/{rel}","templated":true}]}}\n
2. Composition du Virus<\/h2>\n
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<\/p>\n3. ARN et ADN ?<\/h2>\n
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<\/p>\n4. Pr\u00e9l\u00e8vements<\/h2>\n
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Ils recommandent \u00e9galement de pr\u00e9lever un \u00e9chantillon des voies respiratoires inf\u00e9rieures sous forme d’expectorations, si possible.<\/p>\n5. Conclusion partie 2 :<\/h2>\n
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